Ренат На CS6 с Твикстором 6 я делаю всё с одним единственным слоем видео (без всяких транспарентов и т.п.), которое и замедляю/ускоряю так, как мне необходимо:
1. Берём нужное видео, подрезаем, где необходимо. В общем вставляем в новую сиквенс... (можно всё делать и в основной сиквенции, но в отдельной проще)
2. На это видео кидаю твикстор...
3. Выставляю нужные мне ключики скорости...
4. Проверяю...
5. Если всё ГУД, то радуемся жизни и используем далее по назначению... (не забываем, сделать проЩЁт, для удобства).
Никаких доп.слоёв не использую...

Тоже самое и в Афтере...
Удачи.
P.S. Если надо скрины - скину...

(но думаю, что это для тех, кто совсем в танке...

)